Да и понятно: позиционное чередование — дело, в конце концов, механическое. Следующий согласный звонкий? Получай в этом корне на конце [г]. Следующий согласный глухой? Или конец слова? Получай в этом же корне [к].
Появление же того или иного смысла в речевой цепи — дело не механическое. Нужна воля человека, чтобы вот здесь, в этом месте, появилось значение такое-то (то есть слово, морфема с этим значением), а потом — другое определенное значение. Ясно, что механическая мена внешнего облика морфемы не оказывает влияния на смысл; смысл — не влияет на позиционные чередования.
Итак, если два звука позиционно чередуются, то они друг для друга не смыслоразличители. Их мена не связана с меной смыслов.
Представим себе язык. Фантастический, ненастоящий. Но законы чередования звонких и глухих согласных в нем те же, что и в русском языке. В двух разных текстах встретили морфемы: фрып- и фрыб-. Чем обусловлена разница?
Причины могут быть две. Либо это разные морфемы. А у разных морфем как раз мы и можем ожидать разного звукового состава независимо от позиции. Сравните: кос-a, коз-а. Суть, различия в том, чтобы отличать две морфемы. Чтобы не дать им совпасть.
Либо, напротив, морфема-то одна, да позиционные условия различны. Например: фрып- на конце слова, а фрыб- перед гласным, перед окончанием.
И не надо смешивать эти два случая. Либо звуковые различия вызваны позицией — тогда они незначимы. Либо значимы — тогда не вызваны позицией. Как чаши весов.